Mindanao là đảo lớn thứ nhì của Philippines với diện tích 97.530 km²,[1] và là đảo đông dân thứ tám trên thế giới. Đảo có địa hình đồi núi, có núi Apo cao nhất đảo quốc. Mindanao có bốn biển bao quanh: biển Sulu về phía tây,[6] biển Philippines về phía đông, và biển Celebes về phía nam, biển Mindanao nằm ở phía bắc. Trong số các đảo của Philippines, Mindanao có mức độ phát triển địa văn học lớn nhất, với các dãy núi cao, gồ ghề và đứt đoạn; các đỉnh núi lửa hầu như biệt lập; các cao nguyên lượn sóng; các đồng bằng rộng và bằng phẳng. Nhóm đảo Mindanao gồm các quần đảo tại miền nam Philippines, ngoài đảo chính Mindanao thì còn có các đảo như quần đảo Sulu, đảo Camiguin, Dinagat, Siargao và Samal.

Các núi tại Mindanao có thể được nhóm thành mười dãy núi. Tại phần phía đông của đảo, từ mũi Bilas thuộc Surigao del Norte đến mũi San Agustin thuộc Davao Oriental, là một rặng gồm các ngọn núi phức hợp. Phần phía bắc của nó được gọi là dãy núi Diwata, có độ cao lớn và khá gồ ghề, có núi Hilong-Hilong cao 2.012 m. Phần phía nam của rặng này thì rộng hơn và gồ ghề hơn phần phía bắc, có một số đỉnh cao trên 2.600 m tại Davao Oriental và một đỉnh cao đến 2.910 m. Mindanao còn có một rặng núi khác chạy theo chiều bắc-nam, kéo dài từ Talisayan ở phía bắc đến mũi Tinaca tại cực nam đảo. Rặng núi này chạy dọc ranh giới phía tây của các tỉnh Agusan del Norte, Agusan del Sur, và Davao với ít nhất ba đỉnh núi lửa đang hoạt động. Phần giữa và bắc của rặng núi này có các đỉnh cao từ 2.000 m đến 2.600 m.

Các khu vực duyên hải phía đông là Davao và Surigao del Sur có một loạt các vùng đất thấp cỡ nhỏ, tách biệt với nhau qua các mũi đất gồ ghề. Ngoài khơi Mindanao có nhiều rạn san hô và các đảo nhỏ. Vùng bờ biển hẻo lánh và khó tiếp cận này càng khó khăn hơn nếu muốn đến từ tháng 10 đến tháng 3 do gió đông bắc gây sóng lớn. Vực sâu Philippines nằm không xa bờ biển phía đông Mindanao, đạt đến độ sâu 10.575 m và là rãnh sâu thứ ba trên bề mặt trái đất.

Phía tây thành phố Davao có hai núi lửa không hoạt động: Núi Talomo cao 2.893 m, và núi Apo cao 2.964 m. Tại Tây Mindanao, một rặng núi gồm các núi có cấu trúc phức tạp hình thành bán đảo Zamboanga kéo dài. Các ngọn núi tại đó chỉ cao đến 1.200 m, không cao như các rặng núi khác trên đảo. Phần cực đông bắc của dãy này có hai đỉnh của núi lửa Malindang đã tắt. Một loạt các núi lửa nằm xung quanh hồ Lanao, tạo thành một cung rộng qua các tỉnh Lanao del Sur, Cotabato và Bukidnon. Núi Ragang là một núi lửa đang hoạt động, có độ cao 2.815 m và nằm cô lập nhất, còn cao nhất là núi Kitanglad với 2.889 m. Tại Nam Cotabato, có một dãy núi lửa khác và nằm song song với bờ biển, một trong các núi nổi tiếng là núi Parker.

Tại các tỉnh Bukidnon và Lanao del Sur có một loạt cao nguyên, chúng khá rộng và hầu hết bao quanh một số núi lửa trong khu vực. Các cao nguyên được hình thành từ dung nham bazan cùng với tro và đá núi lửa. Tại gần rìa các cao nguyên, địa hình bị chia cắt thành các hẻm núi sâu, và tại một số nơi có các thác nước chảy xuống vùng đồng bằng duyên hải hẹp. Các thác nước này có tiềm năng đáng kể về thuỷ điện, như thác Maria Cristina. Các cao nguyên lượn sóng nằm trên độ cao trung bình 700 m so với mực nước biển, tránh được cái nóng của vùng đất thấp duyên hải.

Hồ Lanao chiếm phần lớn một cao nguyên tại tỉnh Lanao del Sur, đây là hồ lớn nhất Mindanao và lớn thứ hai toàn quốc. Hồ có hình dạng giống tam giác, dài khoảng 29 km và mặt nước cao 780 m trên mực nước biển. Ngoài thác Maria Cristina trên sông Agus, Mindanao còn có thác Jose Abad Santos, là một trong các kỳ quan phong cảnh quốc gia, và có thác Limunsudan là thác cao nhất Philippines.

Mindanao có hai vùng đất thấp lớn có quy mô rộng là thung lũng của sông Agusan tại Agusan và Rio Grande de Mindanao tại thành phố Cotabato. Thung lũng Agusan nằm giữa các dãy núi trung tâm và phía đông của Mindanao, có chiều dài 180 km theo hướng bắc-nam và rộng 32–48 km. Rio Grande de Mindanao và các phụ lưu Catisan và Pulangi tạo nên một thung lũng dài 190 km và rộng từ 19 km tại cửa sông đến khoảng 97 km tại miền trung Cotabato. Các vùng đất thấp có tính chất ven biển nằm tại nhiều nơi trên đảo, trong đó nhiều vùng nhỏ và cô lập dọc theo bờ biển của bán đảo Zamboanga. Tại những nơi khác như đồng bằng Davao, các vùng đất thấp ven biển này có thể dài và rộng đến hàng chục km.